Stefan był synem rzymskiego prezbitera Jana i zanim zasiadł na papieskim tronie, został wyświęcony – jak później twierdził, wbrew swej woli – na biskupa Anagni przez ówczesnego papieża Formozusa. Papieżem został w kwietniu 896 roku, zaraz po śmierci tego ostatniego. Na tronie Piotrowym umieścili go panowie z księstwa Spoleto, na czele których stał zdetronizowany w międzyczasie (przez Formozusa) ekscesarz i ekskról Italii, Lambert ze Spoleto (Lambert II). Ich zaciekłym wrogiem był schorowany i nieobecny na Półwyspie Apenińskim król wschodnich Franków, Arnulf z Karyntii, który cesarską koronę otrzymał z rąk tegoż Formozusa. Dopóki Arnulf przebywał w Italii, Stefan nie podważał jego stanowiska i rangi. Jednak gdy tylko ją opuścił, nowy papież zaczął realizować swój iście szatański plan. W styczniu 897 roku zwołał do pałacu laterańskiego dygnitarzy kościelnych i świeckich, po czym nakazał ciało Formozusa wydobyć z grobu, przybrać w szaty pontyfikalne i posadzić na tronie. Przez trzy dni odbywał się nad nim sąd. Po odczytaniu wyroku obcięto trupowi trzy palce, obdarto z szat i wrzucono do bezimiennej mogiły, aby po kilku dniach wyjąć go stamtąd i cisnąć do Tybru. W tym makabrycznym akcie barbarzyństwa brał również udział przybyły do miasta wraz z matką Ageltrudą, liczący wtedy około siedemnastu lat zdetronizowany cesarz Lambert. Nie wiemy, kto był pomysłodawcą tego widowiska, niemniej służyło ono interesom tych trzech osób. Niewątpliwie pierwsze skrzypce grał w nim jednak sam papież Stefan. Zarzucił on Formozusowi, że dokonał uzurpacji urzędu, gdyż jako biskup Porto nie miał prawa do stolca Piotrowego. No cóż – trzeba powiedzieć, że kara, jaką wyznaczył Stefan VI, była niewspółmierna do czynu, ale niosła pewną istotną konsekwencję. Wszak Stefan również dopuścił się – podobnie jak Formozus – porzucenia swego pierwotnego biskupstwa, stając się biskupem Rzymu. Gdy jednak wyrok sądu trupiego pozbawił Formozusa wszelkich praw, a wszystkie jego dekrety i zarządzenia zostały uznane za nieważne, w tym nominacja Stefana na biskupa Anagni, wybór tego ostatniego na papieża stał się w pełni prawomocny i nie mógł budzić żadnych wątpliwości. W ten sposób Stefan nie tylko zemścił się na swym wrogu, ale uzyskał coś o wiele ważniejszego – niepodważalne prawo do zasiadania na tronie Piotrowym – i zamknął usta wszystkim tym, którzy mogliby go nazwać uzurpatorem. Jak się wydaje, szczególne powody do zadowolenia mógł mieć też zdetronizowany Lambert, bowiem również dekret dotyczący jego detronizacji został ogłoszony jako nieważny. Zarówno papież Stefan VI, jak i na nowo powołany do godności cesarz nie przewidzieli jednak, że czyn ich – świadczący o respekcie dla prawa, acz w wypaczonej formie, zrodzony w głowach ludzi pozbawionych podstawowych norm etycznych, nie mówiąc już o wartościach chrześcijańskich – szybko obróci się przeciwko nim. W lecie tego samego roku na skutek trzęsienia ziemi zawaliła się kopuła bazyliki laterańskiej (San Giovanni in Laterano). Wśród rzymian zawrzało. Bogobojni, ale też przesądni mieszkańcy miasta dostrzegli w tym zdarzeniu znak gniewu Bożego, natomiast duchowni, wyświęceni przez Formozusa, a przez Stefana wysłani do stanu świeckiego, zaczęli wypowiadać głośno to, co lud Rzymu prawdopodobnie chciał słyszeć – zawalenie się najważniejszej papieskiej bazyliki było odpowiedzią na bezprzykładne barbarzyństwo papieża. Tego lata wypadki potoczyły się szybko. W sierpniu papież został pojmany, uwięziony, a następnie uduszony. Pochowany został jednak – jak nakazywała tradycja – w bazylice watykańskiej (San Pietro in Vaticano). Możemy sobie tylko wyobrazić, jak rzymski lud wiwatuje z tego powodu, grabiąc przy okazji – jak to miał w zwyczaju – komnaty papieża z pozostałych po nim przedmiotów. Nie wszyscy jednak świętowali. Ekscesarz i prawdopodobny wspólnik Stefana VI, Lambert ze Spoleto, nie smucił się jednak długo, gdyż rok później zmarł, a niektórzy twierdzą, że stało się to nie tyle z powodu wypadku podczas polowania, ale za sprawą jego wrogów. Do grona opłakujących śmierć papieża należał też człowiek o imieniu Sergiusz, któremu przyszło jeszcze odegrać znaczącą rolę w historii papiestwa (Sergiusz III). Łączyła go z uśmierconym papieżem Stefanem VI przyjaźń, ale przede wszystkim nienawiść do Formozusa, której kilkanaście lat później dał upust.